Pada awal terbentuknya, Dinas Perdagangan Kabupaten Bantul merupakan gabungan antara salah satu bidang di Dinas Perindustrian, Perdagangan, dan Koperasi (bidang Perdagangan) dengan Kantor Pengelolaan Pasar. Dinas Perdagangan Kabupaten Bantul berdiri mulai 1 Januari 2017 yang merupakan amanat dari Peraturan Daerah Kabupaten Bantul Nomor 12 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Bantul, dengan rincian tugas yang tertuang pada Peraturan Bupati Bantul Nomor 121 Tahunn 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Perdagangan Kabupaten Bantul.
Dalam melaksanakan tugas dan fungsi yang semakin berat dan kompleks, Dinas Perdagangan Kabupaten Bantul harus didukung oleh perangkat organisasi, proses bisnis/tata laksana, dan sumber daya aparatur yang tepat baik secara kualitas maupun kuantitas. Untuk itu kegiatan pengembangan dan penataan kelembagaan yang meliputi organisasi dan proses bisnis/tata laksana, serta pengelolaan sumber daya aparatur mutlak dilaksanakan secara efektif, intensif, dan berkesinambungan.
Dalam melakukan transformasi kelembagaan dan pengelolaan sumber daya manusia, Dinas Perdagangan Kabupaten Bantul dapat berpedoman kepada Permendagri 90 Tahun 2019 untuk memperkuat program-program yang ditetapkan dalam Permendagri tersebut. Penataan kelembagaan dan pengelolaan sumber daya manusia seharusnya dapat tercermin melalui perwujudan:
a. Organisasi yang ramping dan tanpa sekat-sekat;
b. Organisasi yang lean, clean, and green;
c. SDM yang adaptif and melek tekonologi; dan
d. Teknologi Informasi sebagai enabler.